本基金為健全業務發展、確保財務及管理資訊正確、完整，特制定「財團法人住宅地震保險基金內部控制及稽核制度實施辦法」，並於2014年設立專任稽核，隸屬董事會，以超然獨立之精神負責稽核業務之規劃及執行，並定期評估各單位自行查核辦理績效。